Fou la capital del comtat d’Empúries i seu comtal. Havia tingut un important barri jueu. Té monuments conservats i altres restaurats, sobretot antics convents d’ordres religioses: St. Domènech, Sta. Clara, St. Agustí... però el seu urbanisme i detalls arquitectònics la fan d’allò més interessants. Alguns dels fragments de muralla conservats són dels segles XI-XII i la Presó medieval. Cal destacar l’església de Santa Maria, gótica, l’interior de la coneguda com “La Catedral” encara que no hagi estat mai seu episcopal, es conserva la pica baptismal d’època romànica. D’estil modernista trobareu l'Ecomuseu-Farinera.

La Basílica gòtica de Santa Maria té una estructura i unes dimensions pròpies d’una catedral, una dignitat que no va aconseguir malgrat els diversos intents, en aquest sentit, dels comtes d’Empúries.
És un dels exemples més interessants de l’arquitectura religiosa gòtica de Catalunya.
L’obra, començada al segle XIII, prosseguí durant tot el segle XIV i finalitzà a l’inici del XV, quan es construí la façana amb la bella portalada de marbre. L’espai interior, paradigma del gòtic mediterrani, conté les singulars fonts baptismals romàniques, el molt notable retaule major d’alabastre del segle XV, dos sarcòfags comtals i un vitrall gòtics, el retaule dels Dolors del segle XVIII, l’orgue del segle XIX i molts altres elements d’interès.
El campanar, amb decoració gòtica, segueix encara la composició arquitectònica dels campanars romànics d’influència llombarda. Pertany segurament al segle XIII.
Al Museu Parroquial s’hi exposen, entre d’altres, imatges, objectes d’orfebreria, ornaments litúrgics i peces arqueològiques de diversa cronologia.