La comarca de l'Alt Empordà està formada per seixanta-vuit municipis, éssent Figueres la capital de comarca.

Municipis:

Agullana, Albanyà, l'Armentera, Avinyonet de Puigventós, Bàscara, Biure, Boadella d’Empordà, Borrassà, Cabanelles, Cabanes, Cadaqués, Cantallops, Capmany, Castelló d’Empúries, Cistella, Colera, Darnius, l'Escala, Espolla, el Far d’Empordà,  Figueres, Fortià, Garrigàs,  Garriguella, la Jonquera,  Lladó,  Llançà, Llers, Maçanet de Cabrenys, Masarac, Mollet de Peralada ,Navata ,Ordis ,Palau de Santa Eulàlia,  Palau-saverdera,  Pau,  Pedret i Marzà , Peralada,  Pont de Molins,  Pontós,  el Port de la Selva,  Portbou,  Rabós,  Riumors,  Roses, Sant Climent Sescebes ,Sant Llorenç de la Muga, Sant Miquel de Fluvià, Sant Mori ,Sant Pere Pescador, Santa Llogaia d’Àlguema, Saus, la Selva de Mar,  Siurana, Terrades, Torroella de Fluvià, la Vajol,  Ventalló, Vila-sacra, Vilabertran, Viladamat ,Vilafant, Vilajuïga, Vilamacolum ,Vilamalla, Vilamaniscle, Vilanant, Vilaür.